Geologisch gesehen gehören die Inseln zum kykladischen Plateau und bestehen aus sedimentärem Kalkstein, der während des Miozäns geformt wurde. Ihr poröses Gestein wurde über Jahrtausende durch Wellenbewegungen zu Meereshöhlen, natürlichen Bögen und Swimmingpools geformt, die nur bei Ebbe zugänglich sind. Bis in die 1970er Jahre bewohnten weniger als 200 ständige Einwohner Pano Koufonisi, die meisten davon Fischer, deren Familien im späten neunzehnten Jahrhundert von Amorgos und Donousa eingewandert waren; Kato Koufonisi blieb bis auf saisonale Ziegenhirten unbewohnt. Die Inselgruppe wurde nur langsam in den Pauschaltourismus einbezogen, was durch das Fehlen eines Flughafens und den geringen Tiefgang des einzigen Piers begrenzt wurde, der nur kleine Fähren aufnimmt und Kreuzfahrtschiffe vollständig ausschließt.
Heute wird ein Tagesausflug nach Koufonisia ab Naxos immer noch durch diese infrastrukturellen Grenzen definiert. Die Überfahrt dauert je nach Schiff und Seegang 60 bis 90 Minuten, wobei die Abfahrten zwischen Mai und Oktober konzentriert sind. Das Dorf Pano Koufonisi – die einzige Siedlung der Insel – gruppiert sich um eine hufeisenförmige Bucht, die von Tamarisken gesäumt ist. Seine einzige befestigte Straße endet an den östlichen Stränden von Finikas und Pori. Keine Autos befahren die Insel; Proviant kommt per Maultierkarren oder Motorrad an, und Besucher bewegen sich zu Fuß auf Küstenpfaden fort, die mit Steinhaufen und weiß getünchten Steinen markiert sind. Die Südküste wechselt zwischen kleinen Stränden mit grobem Sand und flachen Kalksteinplatten, die von der winterlichen Dünung glatt poliert wurden, während die Nordküste zur offenen Ägäis hin offen ist und den Meltemi-Winden ausgesetzt ist, die das Sommerwetter auf den gesamten Kykladen bestimmen.
Kato Koufonisi liegt 200 Meter vor der Küste und ist mit einem Caïque-Shuttle erreichbar, das in der Saison stündlich abfährt. Die Insel bietet außer einer saisonalen Taverne und drei Anlegestellen für private Yachten keine ständige Infrastruktur. Das Innere besteht aus Buschland, das von eingestürzten Steinmauern und Zisternen durchzogen ist, Überresten der Subsistenzwirtschaft, die die Familien aus Amorgos bis ins frühe zwanzigste Jahrhundert ernährte. Die Strände auf Kato Koufonisi werden außerhalb des Augusts von weniger als 30 Besuchern täglich aufgesucht, und die Badebuchten bleiben auf den meisten Seekarten namenlos. Der Bootsausflug von Naxos nach Koufonisia bedient weiterhin eine Klientel, die spärliche Annehmlichkeiten der Dichte eines Resorts vorzieht, und Fährbetreiber berichten, dass Vorausbuchungen für die Überfahrt jetzt vier Monate vor der Abreise möglich sind – ein Indiz für das wachsende Profil des Archipels bei unabhängigen Reisenden, die autofreies Gelände innerhalb der Kleinen Kykladen suchen.
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